En sus orígenes Chapala o Chapallan fue un asentamiento prehispánico cuya antigüedad más remota es encontrada en el siglo XII de nuestra era, cuando una migración de tribus de origen náhuatl provenientes del noroeste del país, tocaron estas latitudes, encontrando la ribera norte del lago sumamente poblada, como lo refiere Fray Antonio Tello, fraile y cronista franciscano.

Cuatro siglos más tarde, en el año 1524, con el contacto de los indígenas cocas y cazcanes con el franciscano Fray Juan de Padilla y el soldado español Alonso de Avalos, el señorío de Chapallan fue reconocido como parte del Nuevo Mundo.

Fruto de la labor de evangelización de los franciscanos Fray Miguel de Bolonia, Fray Martín de Jesús o de la Coruña y Fray Juan de Amolón, se construyeron en 1531 con zacate y adobes el Convento, el Hospital – en el lugar que ocupa la capilla de Nuestra Señora del Rosario- de Axixic (Ajijic), y la iglesia de Tlayacapán (San Antonio); en 1548 el Convento de Chapallan (Chapala). Las Parroquias de Chapala y Ajijic así como la capilla de Nuestra Señora del Rosario fueron levantadas en el siglo XVIII con motivo de la secularización de los edificios religiosos a los franciscanos por parte de la Arquidiócesis de Guadalajara.